L'histoire de la Bourgogne retrace le passé du territoire que l'ancienne région administrative française de Bourgogne a en majeure partie repris de l'ancien duché. Elle l'inscrit dans la suite des ensembles géopolitiques qui, dans cet espace et au-delà, ont partagé le même nom.
Terre de passage, ouverte entre le Nord et le Sud, la région de Bourgogne et ses ressources naturelles ont très tôt favorisé la présence de l'homme. Depuis Homo erectus, la présence de l’homme a été continue en Bourgogne où il a laissé d'abondants vestiges. Le vase de Vix, objet exceptionnel, témoigne notamment de la présence des tribus celtes sur le sol bourguignon. De Bibracte à Alésia, en passant par Autun, s'y relèvent les traces de la conquête de la Gaule par Jules César.
Le premier royaume portant le nom de « Bourgogne », regnum Burgundiæ en latin (« royaume de Burgondie », royaume des Burgondes), est l'œuvre des Burgondes. Vaincu par les Francs, ce peuple laisse en héritage un ensemble territorial qui perpétue son nom. Tour à tour, pendant dix siècles, au milieu de luttes continuelles, les familles régnantes de l'histoire – Mérovingiens, Carolingiens, Capétiens, Valois, Bourbons – effacent et redessinent les frontières et le statut politique de ce territoire, donnant au vocable « Bourgogne » des acceptions différentes.
La Bourgogne du Moyen Âge voit naître avec les abbayes de Cluny et de Cîteaux les plus grands mouvements de la réforme monastique. Les deux célèbres abbayes furent pendant plusieurs siècles tout à la fois des foyers de science dogmatique, de pensée réformatrice, des centres d'activité économique et sociale, artistiques et même politiques de premier ordre pour toute l'Europe. Des édifices comme la basilique de Vézelay et l'abbaye de Fontenay témoignent encore de ce rayonnement.
Quelques siècles plus tard, l'entreprise des ducs de Valois marque profondément son histoire. Philippe le Hardi, Jean sans Peur, Philippe le Bon et Charles le Téméraire font de leur État une grande puissance européenne qui englobe la Belgique et la Hollande actuelles et qui devient la rivale du royaume de France. Philippe le Bon, fondateur de l'ordre de la Toison d'or, fait rayonner sa cour et étend sa renommée jusqu'en Orient. Son fils Charles le Téméraire mate les révoltes de Gand en Flandre et de Liège. Il élève à son apogée l'État bourguignon, mais sa mort à la bataille de Nancy en 1477 fait rentrer définitivement le duché de Bourgogne dans le domaine de la couronne. Cependant, la fille de Charles, Marie de Bourgogne, sauve son pouvoir sur les États du nord, donnant naissance à une descendance qui aboutit à Charles V dit Charles Quint, né à Gand, qui ne cessa de revendiquer la Bourgogne, source de conflits incessants avec la monarchie française.
Devenue royale sous Louis XI, la partie française de la Bourgogne garde ses États et son Parlement, préservant ainsi son individualité jusqu'à la Révolution française. Durant des siècles, son histoire se compose de l'écho des grands événements, des transformations économiques générales et du contrecoup des révolutions parisiennes. Elle épouse le destin de la France et connaît les jours sombres des occupations. De grands noms comme ceux de Bossuet, Rameau ou Buffon, pour ne citer que quelques-uns des plus illustres Bourguignons, continuent à l'illustrer dans le domaine des arts, des lettres et des sciences.
Son histoire économique se fonde sur l'agriculture et la sylviculture. Terre d’élevage, la Bourgogne est réputée pour sa viande charolaise, ses volailles, son fromage, mais aussi pour ses régions viticoles qui donnent naissance à des crus de légende. La sidérurgie avec ses maîtres de forges prend néanmoins, à partir du XVIIIe siècle, sa place dans son économie et conduit pour faciliter son développement à la constitution d'une solide infrastructure de voies de communication. Le complexe industriel du Creusot, entreprise familiale restée pendant cent vingt-quatre ans aux mains des Schneider, et de Montceau-les-Mines en Saône-et-Loire fait la gloire de l'industrie lourde en Bourgogne (charbon – sidérurgie) avant de décliner fortement à la fin du XXe siècle. D'autres industries animent la région, comme les industries chimiques (Autun - Chalon-sur-Saône) ou pharmaceutiques (Dijon), avant de connaître, à leur tour, des temps difficiles.